Разработка инновационных образовательных программ строится, исходя из необходимых требований: ориентированности на использование фундаментальных и прикладных исследований и опытно-конструкторских разработок по приоритетным направлениям развития науки и техники.
Кроме того, в образовательный процесс вносятся и принципиально новые, междисциплинарные инновационные программы, относящиеся, в первую очередь, к научным направлениям, определенным 
 
Президентом Российской Федерации как "Приоритетные направления развития науки, технологий и техники Российской Федерации". Особое значение при этом приобретает качество реализации инновационных программ, для поддержания которого на высочайшем уровне в МГУ создается специальная система контроля.
 
В Московском университете уже созданы и будут дальше развиваться такие образовательные формы, как корпоративные университеты. Например, Высшая школа управления и инноваций (совместно с акционерной финансовой корпорацией "Система"), Высшая школа государственного администрирования (Ecole nationale d'administration и компания "Базовый элемент") и Высшая школа инновационного бизнеса (ОАО НК "РуссНефть"). Магистерские программы, на основе которых ведется обучение в корпоративных университетах, разрабатываются специалистами Московского университета с учетом актуальных задач, стоящих перед бизнес-корпорациями и позволяют вывести подготовку менеджеров на качественно новый, высокий уровень.
 
В целях государственной поддержки образовательных учреждений, внедряющих инновационные образовательные программы было объявлено о проведении конкурсного отбора.
 
Конкурсная комиссия по отбору образовательных учреждений высшего профессионального образования, внедряющих инновационные образовательные программы (утверждена Приказом Минобрнауки России от 10 апреля 2006 г. № 80) провела анализ 197 заявок из всех регионов России.
 
В результате проведенного конкурса утвержден список 17 вузов-победителей конкурсного отбора. На реализацию заявки Московского государственного университета имени М. В. Ломоносова было выделено 970 миллионов рублей в рамках национального проекта "Образование".
 
Реализация образовательных программ инновационного типа проводится в областях: 
 
информационно-телекоммуникационных технологий; 
биоинженерии;         
фундаментальных и прикладных исследований оболочек Земли для решения задач геофизики, геологии, недропользования и экологии; 
новых материалов и химических технологий;    
менеджмента наукоемких технологий;
химии;     
наук о космосе и околоземном пространстве; 
географии, экологии и устойчивого развития; 
психологии; 
философии;
экономики и менеджмента.