Основателем кафедры географии почв (организована в 1939 г.) и ее первым заведующим был профессор Д.Г.Виленский, который руководил созданной кафедрой до конца своей жизни (1960). В том же 1939 г. Д.Г.Виленский был назначен деканом геолого-почвенного факультета Московского университета.

В 1941-1945 гг. Д.Г.Виленский работал в Совете производительных сил (СОПС) Академии наук СССР по военно-оборонной тематике. По возвращении университета из эвакуации в Москву продолжил руководить кафедрой географии почв и исполнять обязанности декана факультета (до 1950 г., когда кафедры почвенного отделения геолого-почвенного факультета были переданы на вновь образованный биолого-почвенный факультет).

В связи со строительством нового здания Московского университета на Ленинских горах в 1949-1953 гг. и созданием в нем учебно-научного Музея землеведения, под руководством Д.Г.Виленского была организована специальная экспедиция по отбору для музея монолитных образцов главных типов почв в разных природных зонах. Также по его инициативе на кафедре географии почв при почвенно-картографических работах стали использоваться аэрометоды исследования почвенного покрова.

На кафедре географии почв уже в предвоенные годы развернулась активная и разносторонняя исследовательская работа. Особое внимание было уделено разработке методики крупномасштабного картографирования почв. Позднее сотрудники и студенты кафедры участвовали в проведении комплексных почвенно-картографических и почвенно-мелиоративных исследований территории, прилегающей к Волго-Донскому каналу (1947-1950), работы проводились также в Северном Крыму (1952-1953), в Мещерской низменности и Окской пойме (1953-1955) (Д.Г.Виленский, Г.В.Добровольский, Г.Г.Еремин). Большое внимание в это время уделялось научно-методическому руководству почвенными исследованиями на сортоиспытательных участках, проводились исследования выветривания и почвообразования на известняках и диоритах южного берега Крыма (Г.В.Добровольский, Ф.И.Левин, В.П.Черевик), генезиса и свойств засоленных почв Присивашья (Г.Г.Еремин).

В 1956 г. в Московском университете под руководством Д.Г.Виленского была начата многолетняя работа по почвенному районированию СССР в целях рационального использования земельных ресурсов страны. Научно-методическим центром этой работы была кафедра географии почв.

В 1960 г. кафедру возглавил профессор Г.В.Добровольский, ныне академик РАН. В 1961-1963 гг. совместно с сотрудниками кафедры почвоведения были проведены почвенно-картографические исследования территории ряда колхозов и совхозов Смоленской области (Г.Г.Еремин, Н.Б.Мякина, Т.В.Афанасьева, М.Н.Строганова, Г.Л.Ремезова, Л.Б.Востокова).

Под руководством Г.В.Добровольского коллектив кафедры сосредоточил усилия на разработке проблемы почвенного районирования. В результате этих работ была составлена карта детального почвенно-географического районирования СССР (М 1:2500000 и 1:5000000, ред. Г.В.Добровольский, П.А.Летунов и Н.Н.Розов, 1963). Позже на ее основе совместно с Почвенным институтом им. В.В.Докучаева и Государственным институтом земельных ресурсов была составлена «Карта природно-сельскохозяйственного районирования земельного фонда СССР» (М 1:2500000 и 1:4000000, отв. ред. Д.И.Шашко, Н.Н.Розов и Г.В.Добровольский, 1976). Результаты первого этапа этой работы (принципы районирования и характеристика подразделений на уровне провинций) были изложены в монографии «Природно-сельскохозяйственное районирование земельного фонда СССР» (1975).

С 1963 г. велось почвенно-мелиоративное картографирование земель колхозов и совхозов в дельте р. Терек (Г.В.Добровольский, К.Н.Федоров, Н.В.Стасюк, Н.Б.Мякина, М.Н.Строганова, Е.Д.Никитин, А.И.Коланчакова). В Рязанской и Крымской областях были проведены исследования по бонитировке почв (Г.Г.Еремин, Л.Б.Востокова). В 1965 г. кафедра включилась в комплексные исследования природных ресурсов Западно-Сибирской низменности, в частности почв и растительности Томского Приобья (Г.В.Добровольский, Т.В.Афанасьева, Г.Л.Ремезова). Большое внимание на кафедре уделялось изучению гидроморфных почв речных долин различных районов. Помимо почв долин Терека, Оби и ее притоков, исследованы почвы в долинах рек юга Красноярского края, Бурятии и в долинах рек зарубежных стран (Нил и Хабур).

Параллельно с работами по почвенно-географическому районированию СССР были проведены почвенные исследования по обоснованию почвенного районирования Центрального экономического района СССР (Т.В.Афанасьева, Л.Б.Востокова, Г.Г.Еремин, М.Н.Строганова, Т.В.Терешина, И.С.Урусевская) Эти работы были завершены в 1969 г., и материалы исследований обобщены в монографии «География почв и почвенное районирование Центрального экономического района СССР» (1972, ред. Г.В.Добровольский и И.С.Урусевская). В это же время Г.В.Добровольским были разработаны и обобщены важнейшие теоретические вопросы генезиса пойменных почв центра Русской равнины: типология пойменных земель, принципы систематики и эколого-генетическая классификация этих почв. На примере территории Западного Прикаспия были разработаны принципы и методы изучения почв водно-аккмулятивных равнин аридной зоны, в основу которых положено литолого-геоморфологическое и геохронологическое районирование (Г.В.Добровольский, К.Н.Федоров, Н.В.Стасюк, М.Н.Строганова).

Одновременно на кафедре получили развитие современные на то время методы изучения почв и почвенного покрова, которые были внедрены и в учебный процесс: дистанционное зондирование почвенного покрова, бонитировка, микроморфология и биодиагностика почв. Все почвенно-картографические работы проводились с использованием аэрофотоснимков, при этом были разработаны критерии дешифрирования отдельных типов почв (Т.В.Афанасьева).

После образования в Московском университете самостоятельного факультета почвоведения на кафедре резко активизировались многие направления научных исследований. В 1970-е годы кафедра совместно с Институтом системных исследований АН СССР и Почвенным институтом им. В.В.Докучаева ВАСХНИЛ проводила изучение проблем оценки земельных ресурсов мира, возможностей расширения земледелия в связи с разработкой моделей и стратегий глобального развития. В это же время широкое развитие получают микроморфологические исследования: установлены микроморфологические признаки почвообразовательных процессов для пойменных и таежных почв южной тайги (К.Н.Федоров, П.Н.Балабко, С.А.Шоба). В практику почвенных исследований стали активно внедряться методы биологической диагностики и индикации почв (Ю.Г.Гельцер).

С 1976 г. проводились работы по изучению почвенного покрова и составлению среднемасштабной почвенной карты на территорию зоны первоочередного освоения вдоль трассы БАМ (В.И.Василенко, О.И.Малинин, В.С.Баженов, Б.В.Шеремет). Одновременно была уточнена схема почвенно-географического районирования в пределах Якутской АССР и Амурской области.

В 1977 г. завершены многолетние исследования почвенного покрова центральной части Западно-Сибирской равнины в пределах средне- и южнотаежной подзон и лиственно-лесной зоны (Г.В.Добровольский, Т.В.Афанасьева, В.И.Василенко, Е.Д.Никитин, Г.Л.Ремезова, С.А.Шоба). Итогом этих работ явились карты почвенно-географического и комплексного природного районирования исследованного района.

В этом же году по поручению Госкомитета по науке и технике Совета Министров СССР и на основании договоров с Мингео, Минводхозом и Минсельхозом СССР Московским университетом было начато комплексное изучение природных условий Нечерноземной зоны РСФСР с прогнозом их изменений в связи с дальнейшим освоением территории. В этой, совместной с другими подразделениями МГУ, работе кафедра географии почв взяла на себя составление карты почвенно-географического районирования Нечерноземной зоны Российской Федерации в масштабе 1:1500000 (Г.В.Добровольский, И.С.Урусевская, С.А.Шоба).

С начала 1980-х гг. сотрудники кафедры принимают участие в работе совместной советско-монгольской комплексной биологической экспедиции АН СССР и АН МНР (ССМКБЭ), составляют среднемасштабные карты некоторых регионов МНР (Н.В.Можарова, К.Н.Федоров, Т.В.Афанасьева). Эти карты послужили основой для мелкомасштабной почвенной карты МНР масштаба 1:1000000. С середины 1980-х гг. активное участие в работе экспедиции по экологической оценке состояния природной среды и составлению карты антропогенной нарушенности природных экосистем МНР принимают Л.Б.Востокова, П.Н.Балабко и Ю.Г.Гельцер.

В 1984 г. была опубликована Карта природно-сельскохозяйственного районирования СССР в масштабе 1:8000000, разработанная сотрудниками кафедры географии почв (Г.В.Добровольский, И.С.Урусевская) совместно с другими учреждениями. Результаты этой работы (принципы районирования и характеристика подразделений разных уровней) изложены в монографии «Природно-сельскохозяйственное районирование и использование земельного фонда СССР» (1983). Позже исследования по почвенно-географическому районированию были продолжены и охватили южные районы России, республики Прибалтики, Белоруссию, Украину и Молдавию. В результате этих работ была создана «Карта почвенно-экологического районирования Восточно-Европейской равнины» (М 1:2500000, 1997) (Г.В.Добровольский, И.С.Урусевская, В.П.Винюкова, Л.Б.Востокова, Е.И.Дорофеева, Т.В.Терешина, Л.С.Щипихина, С.А.Шоба). В настоящее время кафедра продолжает работу над картой почвенно-экологического районирования России.

С 1991 г. на протяжении 8 лет на кафедре географии почв работала Беломорская экспедиция под руководством Д.В.Добрынина, в которой был детально изучен почвенный покров морских берегов (Д.В.Добрынин, М.А.Цейц и Н.В.Орешникова).

Научные достижения кафедры способствуют совершенствованию учебного процесса. Карта детального почвенно-географического районирования СССР положена в основу разработанной на кафедре географии почв «Карты почвенно-географического районирования СССР» для высшей школы (М 1:8000000, Г.В.Добровольский, Н.Н.Розов, И.С.Урусевская).

С 1992 г. заведующим кафедрой является член-корреспондент РАН С.А.Шоба.