Генетический анализ и разработка видоспецифичной системы qПЦР детекции фитопатогенов картофеля семейства Pectobacteriaceae

Защита состоится 14 февраля 2023 года в 15:30 в совете МГУ.015.2(03.13) МГУ имени М.В. Ломоносова, факультет почвоведения, ауд. М-2

Кандидатская диссертация по специальностям 1.5.11 - Микробиология, 1.5.6 - Биотехнология (биол. науки)

Соискатель: Лукьянова А.А.

Научные руководители: Мирошников К.А., д.х.н., член-корр. РАН, Котова И.Б., д.б.н., проф., МГУ имени М.В. Ломоносова

Организации, в которых выполнялась работа: МГУ имени М.В. Ломоносова, ИБХ РАН

Оппоненты: Донова М.В., Дзантиев Б.Б., Пакина Е.Н.

Аннотация:

Диссертация посвящена разработке системы экспресс-детекции на базе ПЦР в реальном времени, а также исследованию филогенетической структуры и распространения в Московской области представителей рода Pectobacterium – бактерий, вызывающих мягкую гниль и черную ножку картофеля. В ходе работы был проведен филогенетический анализ рода Pectobacterium, был определен состав каждого вида внутри рода, выявлены некорректно атрибутированные ранее штаммы. Для дальнейшей работы было выбрано четыре вида рода Pectobacterium: P. atrosepticum как наиболее частый и агрессивный возбудитель черной ножки в Европе, P. parmentieri, P. brasiliense и P. versatile как новые, так же распространенные в РФ возбудители мягкой гнили картофеля, для которых не было ранее разработано систем детекции. Для каждого патогена был разработан и валидирован экспресс диагностикум на базе qПЦР, доказана высокая чувствительность и селективность метода, а также возможность применения для оценки клубней на наличие латентной инфекции. Разработанные системы детекции были использованы для исследования наличия и распространения исследуемых патогенов в образцах картофеля, полученных в 2020-2021 годах.

 

Научная работа