Под руководством нового заведующего Е.В. Шеина (с 1998 г.) кафедра сохранила деление на научные группы.
Одно из главных направлений работы на кафедре – изучение структуры почвы, в том числе процессов агрегатообразования.
Роль структуры в определении плодородия почвы начал изучать еще Н.А.Качинский. Исследования продолжили А.Д.Воронин, А.И.Мосолова, П.Н.Березин, Е.В.Шеин и др. В последнее время активно разрабатывается новый подход в изучении закономерностей формирования агрегатов и свойств, определяющих их устойчивость к внешним воздействиям. Это связано с особыми свойствами почвенного органического вещества – его амфифильностью. Данное направление в изучении органического вещества почв и его значения для агрегатоообразования, развития водоустойчивости агрегатов возглавил Е.Ю.Милановский, предложивший (совместно с Е.В.Шеиным) новый физически обоснованный подход к процессам агрегатообразования.
На кафедре были впервые теоретически обоснованы и применены для решения конкретных почвенных задач новейшие методы исследования почв: магнитные (В.Ф.Бабанин, теперь заведующий кафедрой физики Ярославского государственного технического университета), электрические (А.И.Поздняков), термодинамические – оценка состояния почвенной воды (И.И.Судницын, А.Д.Воронин, Е.В.Шеин).
Традиционно на кафедре изучаются лесные почвы (включая изменение почв под искусственными лесными насаждениями), их генезис, распределение в пространстве, участие в формировании почвенного покрова и функционировании лесных экосистем (руководитель Л.О.Карпачевский). Установлена парцеллярная структура почвенного покрова в лесах. Установлена роль ветровалов и других педотурбаций в формировании почвенного покрова. Доказано, что одним из глобальных почвенных процессов можно считать аэральный принос материала в естественные экосистемы и нарастание почв кверху. Этот процесс наблюдается и в горных экосистемах, где большинство почв формируются в результате аэрального приноса мелкозема. При этом усиливается процесс педолиза, т.е. разложения горных пород под действием почвы и почвенных процессов. Выявлено, что все глубокогумусные почвы относятся к анормальным (по классификации В.В.Докучаева), нарастающим кверху в процессе своего формирования. Выпускники группы лесного почвоведения Е.Б.Скворцова, Т.Н.Серебренникова (Елизарова), Н.В.Елисеева и Т.А.Зубкова защитили докторские диссертации.
Расширились исследования по газовому режиму (А.В.Смагин). Стали разрабатываться новые методы исследования почв (А.В.Смагин, Е.В.Шеин, В.М.Гончаров, Т.А.Зубкова и др.). Была сформулирована концепция молекулярного почвоведения (Т.А.Зубкова). И.И.Судницын продолжил исследования по зависимости жизни растений и микроорганизмов от потенциала почвенной влаги. Усилились работы по реологическим свойствам почв (А.С.Манучаров, Д.Д.Хайдапова).
Группа мелиорации почв продолжила исследования гидроморфных почв, в том числе изучается влияние пожаров на торфяные почвы, роль пескования в сохранении торфяных почв и многие другие мелиоративные проблемы (Ф.Р.Зайдельман, А.С.Никифорова, А.П.Шваров, М.В.Банников). Ф.Р.Зайдельман выпустил две книги для садоводов и фермеров, в которых изложил требования к земледельцам и подходы к получению максимального урожая на участках при сохранении почвенного покрова. В картографической группе под руководством Ф.Р.Зайдельмана в 1984 г. была опубликована Почвенно-мелиоративная карта Нечерноземной зоны РСФСР масштаба 1:1,5 млн, в 2000 г. – Агроландшафтная экологическая почвенно-мелиоративная карта Центра Нечерноземной зоны РФ масштаба 1:1,5 млн, в 2003 г. – Карта почвенно-мелиоративных особенностей Московской области масштаба 1:3,5 млн. Готовится к изданию Агроландшафтная экологическая почвенно-мелиоративная карта всей Нечерноземной зоны РФ масштаба 1:1,5 млн. Собран и обработан картографический и литературный материал для составления агроландшафтной экологической почвенно-мелиоративной карты всей европейской частей России масштаба 1:1,5 млн, а также азиатской части России масштаба 1:7,5 млн.
Т.А.Архангельская начала работы по изучению тепловых свойств и режимов почв. Продолжаются исследования на лизиметрах кафедры (почвенный стационар), где основные работы проводит А.Б.Умарова, использующая новые методы и современные подходы при анализе движения воды и веществ в почвах. Установлено, что в подзоне южной тайги за пределы метровой почвенной толщи фильтруется 5–40 мм воды.
В настоящее время кафедра физики и мелиорации почв является признанным теоретическим и методическим центром в области физики и мелиорации почв в нашей стране и за рубежом. Раздел физики почв активно интегрируется в проблемы прогнозного математического моделирования, геотехнологий, почвенно-ландшафтного проектирования и др. Это направление активно разрабатывают А.Б.Умарова, М.А.Сидорова, М.А.Бутылкина, А.П.Шваров.
Начаты новые исследования по массопереносу, по неоднородности физических свойств почв и по генезису почв Владимирского ополья. В 2000 г. траншеи, заложенные коллективом кафедры совместно с коллективом НИИСХ, возглавляемым докторантом кафедры проф. М.А.Мазировым, демонстрировались на 3-м съезде Докучаевского общества почвоведов.
На кафедре всегда уделялось большое внимание развитию агрофизического направления. Агрофизика, как самостоятельная наука о физических факторах продукционного процесса, объединяющая исследования физических процессов в почве, приземном слое воздуха и растениях, сложилась в России благодаря работам А.Г.Дояренко, Н.А.Качинского, а впоследствии и работам, проводимым на кафедре И.И.Судницыным, Е.В.Шеиным, П.Н.Березиным и их учениками. В настоящее время на кафедре большой спецкурс «Агрофизика» читает доцент кафедры В.М.Гончаров, проводятся работы по новому направлению – ландшафтной агрофизике, которое развивают А.В.Дембовецкий, В.Г.Тымбаев, М.А.Бутылкина, Е.В.Фаустова.
Сложившаяся при Н.А.Качинском система полевых и лабораторных методов физики почв остается незыблемой основой экспериментального обеспечения количественных исследований в почвоведении. К настоящему времени система Н.А.Качинского дополнена новыми методами термодинамики почвенной влаги, определения гидрофизических характеристик почвы, без которых невозможно количественная оценка миграции веществ и энергии в почве и почвенном покрове. Наиболее важным представляется методическая работа кафедры, направленная на то, чтобы обосновать комплекс количественных методов исследования физических свойств и процессов в ландшафте. В этом отношении физика почв интегрируется в активно развивающейся молодой науке педометрике, которая во многом имеет «физические» и «математические» корни. Это направление на кафедре активно развивают молодые исследователи: М.А.Бутылкина, В.Г.Тымбаев, Е.В.Фаустова. Если попытаться заглянуть в ближайшее будущее почвенных исследований, то эти исследования будут, вероятно, связаны с количественными подходами, проектированием, созданием почвенных конструкций, поиском оптимальных решений в экологии и управлении природными ресурсами. Все эти разделы требуют количественного физического обоснования, прежде всего, новых физических подходов и параметров. Поэтому физика и мелиорация почв требует развития новых методов, как в теоретическом отношении, так и в разработке и внедрении новых практических подходов.
